В 1976 году окончил харьковскую среднюю школу № 76. После школы учился в ПТУ №14 по специальности «чертежник-конструктор». От армии был освобожден по статье 7-Б — шизоидная психопатия.
Согласно информации на сайте Харьковского городского совета, у Геннадия Кернеса два высших образования. Это: юрист (Национальная юридическая академия им. Ярослава Мудрого) и магистр государственного управления (Харьковский государственный экономический университет). Кандидат наук по государственному управлению. Даты получения аттестатов об образовании и научной степени не уточняются.